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제116회 대한화학회 학술발표회, 총회 및 기기전시회 안내 Improving AMBER Force field for RNA simulations

등록일
2015년 9월 3일 11시 28분 48초
접수번호
1195
발표코드
PHYS.P-273 이곳을 클릭하시면 발표코드에 대한 설명을 보실 수 있습니다.
발표시간
10월 16일 (금요일) 13:00~14:30
발표형식
포스터
발표분야
물리화학
저자 및
공동저자
황태환, 박영상*
부산대학교 화학과, Korea
In all-atom RNA molecular dynamics (MD) simulations, the standard AMBER99 parameters have some limitations, such as over-stabilization of base stacking and biased populations of the glycosidic syn-anti conformations. In an attempt to improve AMBER99 for RNA simulations, we proposed to modify van der Waals and glycosidic torsional parameters of the AMBER99 force field in conjunction with the TIP4p-FB explicit water model. For improving base stacking interactions, aqueous nucleosides clustering simulations were performed to compute association equilibrium constants (Ka), which were then directly compared to earlier experimental results measured by vapor pressure osmometry. For improving the glycosidic syn-anti ratio, we carried out mononucleoside simulations using the chiOL3 torsional potential by uniformly scaling the chiOL3 term for each base of rA, rG, rU, and rC. With all these new parameter sets, we found that UUCG and GCAA tetra loop hairpin RNAs remained stable within hundreds nanoseconds (ns). Further test has been undergoing to assess the feasibility of this force field for ab-initio folding of small RNA loops.

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