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제118회 대한화학회 학술발표회, 총회 및 기기전시회 안내 ProWaVE: Protein Surrounding Water Visualization and Energetics

등록일
2016년 8월 31일 15시 19분 30초
접수번호
2238
발표코드
PHYS.P-432 이곳을 클릭하시면 발표코드에 대한 설명을 보실 수 있습니다.
발표시간
10월 13일 (목요일) 11:00~12:30
발표형식
포스터
발표분야
물리화학
저자 및
공동저자
임해리, 조한울, 함시현*
숙명여자대학교 화학과, Korea
생체 내에서 일어나는 단백질의 구조와 기능을 이해하는데 단백질의 solvation thermodynamic를 구현하고 이해하는 것은 매우 중요한 부분이다. 이를 위해 본 연구실에서는 www.prowave.org website를 개발하였다. 본 website는 누구나 쉽게 무료로 접속할 수 있으며, 사용자가 protein input file upload를 통해 solvation thermodynamic 계산 결과를 도출하여 download 할 수 있다. Solvation free energy 계산은 본 연구실에서 개발한 fluctuation thermodynamics 기술을 사용하여 구현한다. 이 웹사이트를 통해 원하는 단백질의 pdb 파일을 통해 solvation free energy, solvation entropy, solvation energy를 계산할 수 있으며, decomposition 계산을 통해서는 단백질의 잔기별 residual solvation free energy를 계산하고 구현할 수 있다. 본 website에서 solvation thermodynamic 계산은 Linux의 torque라는 프로그램을 이용하여 계산을 GPU 서버로 전송시킴으로써 CPU가 아닌 GPU에서 수행되도록 만들었다. 본 ProWaVE website를 통해 단백질의 물 속에서의 거동을 예측하고 구현하며, 나아가 단백질의 소수성, 친수성 부분을 예측하고 이를 통해 단백질의 기능을 이해하고자 하는 많은 연구자들에게 유용한 정보를 제공하고자 한다.

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