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A statistical rescoring scheme for protein–ligand docking: Consideration of entropic effect

등록일
2008년 2월 4일 12시 58분 09초
접수번호
0042
발표코드
금29A4구 이곳을 클릭하시면 발표코드에 대한 설명을 보실 수 있습니다.
발표시간
금 15시 : 05분
발표형식
구두발표
발표분야
물리화학
저자 및
공동저자
이주용, 석차옥
서울대학교 화학부,
Computational prediction of protein–ligand binding modes provides useful information on the relationship between structure and activity needed for drug design. A statistical rescoring method that incorporates entropic effect is proposed to improve the accuracy of binding mode prediction. A probability function for two sampled conformations to belong to the same broad basin in the potential energy surface is introduced to estimate the contribution of the state represented by a sampled conformation to the configurational integral. The scheme is applied to rescore protein–ligand complex conformations generated by AutoDock. It is demonstrated that this simple rescoring improves prediction accuracy substantially when tested on 163 protein–ligand complexes with known experimental structures.

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