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All-atom direct folding simulation of ββα miniprotein (1FME)

등록일
2008년 2월 12일 04시 10분 48초
접수번호
0700
발표코드
29P1포 이곳을 클릭하시면 발표코드에 대한 설명을 보실 수 있습니다.
발표시간
금 <발표Ⅴ>
발표형식
포스터
발표분야
물리화학
저자 및
공동저자
김은애, 박영상
부산대학교 화학과,
Miniprotein with a ββα motif (1FME) is of practical importance for protein folding studies. Previously, we developed a modified version of param99 with the generalized Born (GB) solvation model and the multiplexed Q-replica exchange simulation method (mQ-REM) as a novel conformational search scheme. Starting from fully extended states, we have successfully demonstrated all-atom ab initio structure prediction of 1FME. By monitoring the progress of pseudo-free energy surface during the simulation time, the native-like structure of the protein was identified in the lowest free energy basin at 280 K. In the predicted native structures, typical backbone RMSD value was ∼2.5 Å and the hydrophobic cores were in excellent agreement with the NMR data.

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